IVT mRNA·saRNA 연구에서
dsRNA Impurity가 중요한 이유
RNA의 길이가 맞는 것만으로 충분할까요?
IVT RNA 연구에서 확인해야 할 또 하나의 QC 항목, dsRNA를 알아봅니다.
mRNA나 self-amplifying RNA(saRNA)를 in vitro transcription(IVT)으로 합성하면 원하는 single-stranded RNA만 생성되는 것은 아닙니다.
반응 과정에서 다양한 RNA byproduct가 함께 생성될 수 있으며, 그중 대표적인 것이 double-stranded RNA(dsRNA)입니다.
→ RNA Ladder + electrophoresis
→ dsRNA-specific assay
dsRNA Impurity란 무엇일까요?
IVT에서는 DNA template와 RNA polymerase를 이용해 원하는 RNA transcript를 생산합니다.
하지만 transcription 과정에서 의도하지 않은 RNA strand가 만들어지거나 RNA가 서로 상보적으로 결합하면서 double-stranded RNA 형태의 byproduct가 형성될 수 있습니다.
Intended transcript
dsRNA · Short RNA · Other species
왜 dsRNA를 확인해야 할까요?
세포는 double-stranded RNA를 바이러스 감염과 관련된 molecular pattern으로 인식할 수 있습니다.
따라서 IVT RNA preparation에 존재하는 dsRNA는 여러 innate immune sensing pathway와 연결될 수 있습니다.
dsRNA Recognition
dsRNA는 TLR3, RIG-I, MDA5 등의 RNA sensing pathway와 관련될 수 있습니다.
Protein Expression
dsRNA-dependent response는 RNA translation efficiency에 영향을 줄 수 있습니다.
Purification Comparison
정제 전후 dsRNA 수준을 비교하면 RNA purification workflow를 평가하는 데 활용할 수 있습니다.
RNA Ladder와 dsRNA ELISA는 무엇이 다를까요?
| QC 질문 | 분석 방법 | 확인 항목 |
|---|---|---|
| RNA 크기가 맞는가? | RNA Ladder | Size / migration |
| RNA가 온전한가? | Electrophoresis | Band pattern / degradation |
| dsRNA가 얼마나 존재하는가? | J2-based dsRNA ELISA | Quantitative dsRNA impurity |
즉 RNA Ladder와 dsRNA ELISA는 서로 대체하는 방법이 아니라 서로 다른 QC 질문에 답하는 complementary tool입니다.
J2 Antibody란?
J2 clone은 double-stranded RNA를 인식하는 monoclonal antibody로, dsRNA 연구에서 널리 사용되는 detection tool 중 하나입니다.
일반적으로 J2 antibody는 dot blot 등의 방법에도 활용할 수 있지만, sample 간 dsRNA 수준을 보다 정량적으로 비교하려면 standard curve 기반 ELISA를 사용할 수 있습니다.
Double-Stranded RNA (dsRNA) ELISA Kit
J2 기반 double-antibody sandwich ELISA를 이용해 sample 내 dsRNA를 정량적으로 측정하는 research-use assay입니다.
Double-stranded RNA
Sandwich ELISA
OD 450 nm
Standard curve-based quantification
J2 Dot Blot과 dsRNA ELISA, 어떻게 다를까요?
Dot Blot
- dsRNA 존재 확인
- Sample 간 상대적 비교
- 간단한 screening
Quantitative ELISA
- Standard curve 사용
- 정량적인 dsRNA 비교
- 다수 sample 분석
- Process optimization 연구
RNA Purification 전후를 비교해볼 수 있습니다.
dsRNA analysis의 유용한 활용 방법 중 하나는 purification 전후 sample을 비교하는 것입니다.
dsRNA Measurement
dsRNA Measurement
이를 통해 서로 다른 purification condition이나 process를 비교하는 연구용 QC workflow를 구성할 수 있습니다.
Long RNA / mRNA / saRNA QC를 하나의 workflow로 보면
6K / 9K / 12K / 15K RNA Ladder
J2-based dsRNA ELISA
내 RNA에는 어떤 RNA Ladder가 필요할까요?
6K, 9K, 12K, 15K RNA Ladder의 차이와 RNA 길이에 따른 선택 방법을 확인해보세요.
RNA Ladder Selection Guide 보기 →RNA의 크기부터 dsRNA impurity까지
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RNA QC Solutions 보기For Research Use Only. 본 콘텐츠는 연구용 제품 및 분석 workflow에 대한 일반적인 정보를 제공합니다.