IVT mRNA QC Workflow
전사부터 정제, RNA Size & Integrity, dsRNA Impurity, Residual T7 RNA Polymerase까지
IVT mRNA나 self-amplifying RNA(saRNA)를 만들었다면 가장 먼저 확인하고 싶은 것은 아마 “RNA가 제대로 만들어졌는가?”일 것입니다.
하지만 이 질문은 하나의 분석만으로 답하기 어렵습니다.
RNA의 크기가 맞더라도 IVT 과정에서 생성된 dsRNA가 남아 있을 수 있고, 정제 후에도 process-related impurity가 존재할 수 있기 때문입니다.
IVT RNA QC Workflow 한눈에 보기
T7 RNA Polymerase
RNA Ladder
dsRNA ELISA
T7 RNA Polymerase ELISA
먼저 QC 질문을 구분해보세요
| QC 질문 | 분석 방법 | 확인 항목 |
|---|---|---|
| RNA 크기가 맞는가? | RNA Ladder | RNA size |
| RNA가 온전한가? | Electrophoresis | Band pattern / degradation |
| dsRNA가 남아 있는가? | dsRNA ELISA | Residual dsRNA |
| T7 RNA Polymerase가 남아 있는가? | T7 RNA Polymerase ELISA | Residual process enzyme |
STEP 1. IVT RNA Production
IVT에서는 DNA template를 기반으로 RNA polymerase가 RNA를 합성합니다. T7 RNA Polymerase는 이러한 IVT workflow에서 널리 사용되는 enzyme입니다.
반응이 끝났다고 해서 원하는 RNA만 존재하는 것은 아닙니다. 이후 purification과 QC가 필요한 이유입니다.
STEP 2. RNA Purification
IVT reaction 이후에는 원하는 RNA를 확보하고 다양한 reaction component와 byproduct를 줄이기 위한 purification 과정이 이어집니다.
dsRNA 등의 분석 결과를 전후 비교하여 purification condition이나 process의 차이를 연구하는 데 활용할 수 있습니다.
STEP 3. RNA Size & Integrity
정제된 RNA가 예상한 transcript size를 갖는지 확인하는 가장 기본적인 방법 중 하나가 RNA Ladder를 이용한 electrophoresis입니다.
일반 IVT RNA
Long mRNA
Long RNA / saRNA
Ultra-long RNA
예를 들어 8–10 kb 수준의 saRNA를 분석한다면 9 kb와 12 kb reference를 포함하는 12K High Range RNA Ladder를 검토할 수 있습니다.
6K·9K·12K·15K RNA Ladder의 차이를 별도 가이드에서 확인할 수 있습니다.
RNA Ladder Selection Guide →STEP 4. dsRNA Impurity
RNA의 크기가 정확하더라도 IVT 과정에서 생성된 double-stranded RNA가 sample에 존재할 수 있습니다.
따라서 RNA size와 dsRNA impurity는 별개의 QC 항목으로 보는 것이 좋습니다.
J2-based dsRNA ELISA
J2 antibody 기반 sandwich ELISA를 이용하면 standard curve를 통해 sample 간 dsRNA 수준을 정량적으로 비교할 수 있습니다.
Croyez C13005-K01IVT RNA에서 dsRNA impurity를 별도로 확인하는 이유를 알아보세요.
dsRNA Impurity Guide →STEP 5. Residual T7 RNA Polymerase
IVT 반응에 사용되는 T7 RNA Polymerase 자체도 process-related component입니다.
연구 목적에 따라 purification 이후 sample에서 residual T7 RNA Polymerase를 별도의 ELISA로 평가하는 workflow를 구성할 수 있습니다.
T7 RNA Polymerase ELISA Kit
IVT RNA research workflow에서 residual T7 RNA Polymerase를 정량적으로 평가하기 위한 research-use ELISA.
Cat. C13004-K01세 가지 결과는 서로 다른 정보를 제공합니다
RNA Size
원하는 크기의 RNA가 만들어졌는가?
RNA Impurity
Residual dsRNA가 얼마나 존재하는가?
Process Residual
IVT enzyme이 얼마나 남아 있는가?
RNA QC를 제품 하나가 아닌 Workflow로
알앤디메이트는 Long RNA, mRNA 및 saRNA 연구에 필요한 RNA Ladder, dsRNA 분석, residual process enzyme 분석 제품을 하나의 RNA QC workflow 관점에서 제안합니다.
RNA QC 제품 선택이 필요하신가요?
RNA 길이, IVT 조건 및 확인하려는 QC 항목을 알려주시면 적합한 제품을 함께 검토해드립니다.
R&D Mate RNA QC SolutionsFor Research Use Only. 본 콘텐츠는 연구용 RNA QC workflow에 대한 일반적인 정보를 제공합니다. 개별 제품의 적용 조건과 specification은 해당 제품 documentation을 확인해 주세요.