Protein Digestion이 끝난 뒤
Trypsin은 어떻게 제거하고 계신가요?

Trypsin은 protein digestion과 peptide mapping에서 가장 널리 사용되는 protease 중 하나입니다. 하지만 digestion이 끝난 뒤에도 활성 trypsin이 남아 있으면 원하지 않는 추가 cleavage가 계속될 수 있습니다. Affinity-removable trypsin은 protease 자체에 affinity handle을 부여해 digestion 후 선택적으로 capture하고 제거하는 접근입니다.

Trypsin은 왜 Protein Analysis에서 많이 사용할까요?

Trypsin은 주로 lysine(K)과 arginine(R) residue의 C-terminal side를 절단합니다. 따라서 비교적 예측 가능한 peptide fragment를 생성할 수 있어 protein characterization과 peptide mapping workflow에서 널리 사용됩니다.

하지만 중요한 것은 digestion 자체만이 아닙니다. 원하는 digestion이 끝났다면 proteolysis도 적절한 시점에 중단되어야 합니다.

문제는 Digestion 후 남아 있는 Trypsin

Protein processing이 끝난 뒤 sample에 active trypsin이 계속 남아 있다면 incubation, storage 또는 downstream processing 중 추가 cleavage가 일어날 가능성을 고려해야 합니다.

일반적으로 protease activity를 멈추기 위해 pH 변화, inhibitor, temperature control 또는 별도의 purification step 등을 사용할 수 있습니다.

하지만 downstream application에 따라서는 protease를 단순히 비활성화하는 것보다 sample에서 실제로 제거하는 것이 더 적합할 수 있습니다.

Trypsin 자체에 His-tag를 붙인다면?

MEDNA Bio의 Affinity-Removable Recombinant Trypsin은 recombinant trypsin의 C-terminus에 polyhistidine affinity tag를 가지고 있습니다.

His-tag는 Ni²⁺ 또는 Co²⁺와 같은 immobilized metal ion에 결합하기 때문에 Ni-NTA 등 IMAC resin으로 선택적으로 capture할 수 있습니다.

따라서 digestion이 끝난 뒤 sample을 IMAC media와 접촉시키면 His-tagged trypsin은 resin에 결합하고, 처리된 target protein 또는 peptide는 별도 fraction으로 회수하는 workflow를 구성할 수 있습니다.

Digest → Capture → Remove

STEP 1 — Digestion
Affinity-removable recombinant trypsin으로 target protein을 digestion 또는 processing합니다.

STEP 2 — IMAC Capture
반응이 끝난 sample을 Ni-NTA 또는 compatible IMAC matrix와 접촉시킵니다.

STEP 3 — Trypsin Binding
Trypsin의 C-terminal polyhistidine tag가 immobilized metal ion에 결합합니다.

STEP 4 — Sample Recovery
Trypsin이 제거된 protein 또는 peptide fraction을 downstream analysis에 사용합니다.

Affinity-Removable 방식의 장점은 무엇일까요?

Peptide Mapping에서는 왜 흥미로울까요?

Peptide mapping에서는 digestion condition 자체가 analytical reproducibility에 영향을 줄 수 있습니다.

Digestion time, enzyme-to-substrate ratio, temperature뿐 아니라 어느 시점에서 proteolysis를 중단했는가도 중요한 experimental variable입니다.

Affinity-removable protease는 digestion 이후 enzyme을 물리적으로 분리할 수 있기 때문에 controlled proteolysis 또는 새로운 peptide-mapping method를 개발할 때 검토할 수 있는 옵션입니다.

적용 가능한 연구 Workflow

✓ Recombinant protein processing

✓ Controlled proteolysis

✓ Protein characterization

✓ Peptide mapping method development

✓ Protease immobilization study

✓ Protein purification workflow development

✓ Digestion 후 residual protease 제거가 필요한 연구

MEDNA Bio Affinity-Removable Recombinant Trypsin

이 제품은 Pichia pastoris에서 recombinant production되며 C-terminal polyhistidine tag를 포함합니다.

Ni-NTA 및 기타 IMAC matrix와 호환되며, MEDNA Bio는 soluble proteolysis와 immobilized proteolysis workflow 모두를 application으로 제시합니다.

제품은 100 µg, 500 µg, 1 mg 및 custom bulk format으로 제공됩니다.

Protein Digestion 또는 Peptide Mapping Workflow를 개발하고 계신가요?

알앤디메이트에서는 recombinant protease, protein purification, IMAC resin 및 protein characterization에 필요한 제품을 함께 검토합니다.

Target protein, digestion 목적, sample amount, 현재 사용 중인 trypsin과 downstream analysis를 알려주시면 적합한 protease 및 purification workflow를 검토해 드립니다.