mRNA나 IVT RNA 실험을 하다 보면 RNA의 크기를 확인하기 위해 RNA Ladder를 사용합니다.

최근에는 일반 mRNA뿐 아니라 Long RNA와 self-amplifying RNA(saRNA) 연구가 확대되면서 기존 RNA Ladder의 범위를 넘어서는 긴 RNA를 다루는 경우도 늘어나고 있습니다.

RNA Ladder는 어디에 사용할까요?

RNA를 agarose gel electrophoresis로 분석하면 크기에 따라 이동하면서 band를 형성합니다. 하지만 sample band만 보고 RNA의 정확한 크기를 판단하기는 어렵습니다.

이때 옆 lane에 크기를 알고 있는 RNA 조각들을 함께 전기영동합니다. 이것이 바로 RNA Ladder입니다.

RNA 길이에 따른 선택 가이드

무조건 가장 큰 Ladder가 좋은 것은 아닙니다. 내 RNA의 예상 크기와 가까운 reference band가 충분히 존재하는 제품을 선택하는 것이 중요합니다.

6K RNA Ladder

약 6 kb 이하의 일반적인 IVT RNA 또는 mRNA를 분석한다면 6K RNA Ladder로 충분한 경우가 많습니다.

• IVT RNA
• 일반 mRNA construct
• RNA transcription 연구
• 일반 RNA electrophoresis

9K Mid Range RNA Ladder

RNA가 6 kb 이상으로 길어지기 시작하면 conventional RNA marker의 범위가 부족할 수 있습니다.

9K Mid Range RNA Ladder는 다음과 같은 reference band를 제공합니다.

따라서 약 6–9 kb 범위의 long mRNA나 긴 RNA construct를 분석할 때 유용합니다.

12K High Range RNA Ladder

saRNA에서는 왜 12K Ladder가 유용할까요?

Self-amplifying RNA는 세포 내 RNA amplification에 필요한 sequence가 추가되기 때문에 일반적인 mRNA보다 transcript가 상당히 길어질 수 있습니다.

예를 들어 약 8–10 kb RNA를 분석한다고 가정해 보겠습니다.

따라서 12K High Range RNA Ladder는 다음 연구에 검토할 수 있습니다.

• Self-amplifying RNA (saRNA)
• Long IVT RNA
• Large mRNA constructs
• RNA therapeutics research
• Long RNA size 및 integrity 확인

15K Ultra High Range RNA Ladder

12 kb 이상의 매우 긴 RNA construct를 분석해야 한다면 15K 범위를 검토할 수 있습니다.

작은 RNA 영역보다는 고분자 RNA 영역에 집중된 Ladder이기 때문에 ultra-long RNA 연구에 더 적합합니다.

RNA Ladder로 integrity도 확인할 수 있을까요?

RNA Ladder의 기본 목적은 size reference입니다.

하지만 하나의 긴 transcript가 예상되는 상황에서 더 작은 RNA species나 smear가 관찰된다면 degradation이나 예상하지 못한 RNA product의 가능성을 검토할 수 있습니다.

RNA 크기만 확인하면 QC가 끝날까요?

특히 IVT mRNA나 saRNA 연구에서는 두 가지 QC 질문을 구분해 생각하는 것이 좋습니다.

R&D Mate Long RNA QC Workflow

그래서 어떤 RNA Ladder를 선택해야 할까요?

For Research Use Only. RNA Ladder는 RNA size standard이며 정량용 RNA 표준물질이 아닙니다.