About Phase Genomics

What is Hi-C Technology?

Hi-C는 세포 내에서 물리적으로 가까이 존재하는 DNA 조각들을 연결하여 genome 구조를 분석하는 advanced sequencing technology 입니다.

기존 shotgun sequencing 방식이 fragmented contig 수준의 정보를 제공하는 데 그치는 반면, Hi-C 기반 분석은 DNA 간의 물리적 proximity 정보를 활용하여 더 높은 수준의 genome structure 분석을 가능하게 합니다.

Hi-C 기반 분석 가능 영역

• Chromosome-scale genome assembly
• Genome scaffolding
• Metagenome deconvolution
• Plasmid-host linkage analysis
• Phage-host interaction analysis
• Microbial community structure analysis

기존 Metagenomics의 한계

• Fragmented genome assembly
• Inaccurate binning
• Unknown plasmid hosts
• Unknown phage-host relationships
• Complex microbial communities
• Contamination between MAGs

Phase Genomics Solution

Phase Genomics의 Hi-C 기반 proximity ligation technology는 동일 세포 내 DNA 조각 간의 물리적 연결 정보를 활용하여 더욱 정확한 genome reconstruction 및 metagenomic analysis를 가능하게 합니다.

• Accurate MAG reconstruction
• Chromosome-level assembly
• Host attribution
• Structural genome analysis

Microbiome Research

복잡한 microbial community 내에서 strain-level genome reconstruction 및 host association 분석을 지원합니다.

Gut, skin, soil, marine, environmental microbiome

Genome Assembly

Plant, microbial, fungal, animal genomes의 chromosome-scale assembly 및 scaffolding을 지원합니다.

De novo assembly, contig scaffolding, structural genomics

Plant & Agricultural Genomics

반복 서열이 많은 plant genome assembly 및 breeding research에 적합합니다.

Crop genomics, seed technology, agricultural biotechnology

Plasmid & Phage Host Attribution

Plasmid 및 bacteriophage가 어떤 host organism과 연결되는지 분석할 수 있습니다.

AMR tracking, horizontal gene transfer, phage-host interaction

Proximo™ Hi-C Genome Scaffolding Kits

Chromosome-scale genome assembly를 위한 Hi-C scaffolding platform 입니다.

Key Features

• High-quality genome scaffolding
• Improved assembly continuity
• Compatible with multiple sequencing platforms
• Suitable for plant, animal, fungal, and microbial genomes

Recommended Applications

De novo assembly, plant genomics, comparative genomics, structural genomics

ProxiMeta™ Metagenomics Platform

Hi-C 기반 metagenomic deconvolution 및 microbiome structure analysis 솔루션입니다.

Key Features

• Genome-resolved metagenomics
• MAG reconstruction improvement
• Plasmid-host linkage
• Phage-host interaction analysis
• Advanced microbial community analysis

Recommended Applications

Microbiome research, environmental genomics, AMR studies, host attribution analysis

Scientific Resources

Publications & Application Resources

Phase Genomics technology는 다양한 peer-reviewed publication 및 advanced genomics research에 활용되고 있습니다. Publication, application note, workflow 자료는 별도 문의 부탁드립니다.

Research Areas

• Microbiome genomics
• Environmental genomics
• Structural genomics
• Agricultural genomics
• Genome assembly research
• AMR tracking

Genome Assembly / Scaffolding

Fragmented genome assembly를 chromosome-scale 수준으로 개선하고자 하는 연구에 적합합니다.

Proximo™ Hi-C Genome Scaffolding Kits

Microbiome / Metagenomics

Complex microbial community에서 MAG reconstruction, plasmid-host linkage, phage-host interaction 분석을 수행하는 연구에 적합합니다.

ProxiMeta™ Hi-C Metagenomics Platform

FFPE / Special Samples

FFPE sample 또는 특수 sample 조건에서 Hi-C library preparation이 필요한 경우 별도 module 구성을 검토할 수 있습니다.

Proximo™ FFPE Module

Recommended for pilot projects

ProxiMeta™ Starter Bundle

ProxiMeta™ 기술을 처음 적용하는 연구자 또는 pilot project에 적합한 bundle 구성입니다.

• 2 samples 기준 구성
• PGShield 포함
• Data analysis 포함
• Explorer access 포함
• MAG binning 지원
• Phage / plasmid / AMR annotation 지원
• Host-attribution analysis 지원
• Consultation 포함 가능

Recommended for experienced users

ProxiMeta™ Classic Kit

ProxiMeta™ workflow를 이미 이해하고 있거나, 자체 sequencing 및 downstream analysis 계획이 있는 연구자에게 적합한 kit 구성입니다.

• 8 samples 기준 구성
• PGShield 포함
• Hi-C metagenomics library preparation 용도
• Microbiome sample analysis에 적합
• Genome-resolved metagenomics workflow 지원
• Analysis requirement는 별도 확인 필요